南方的战事并没有影响到宣化的李振新，他现在没精力关注到其它战区的情况。如今最重要的是在北京城，建制掌权。
吴贞毓到宣化之后双方展开了数论的谈判，最终达成了一个基本方案。大明复国后，都城正式定在北京城。同时取消南直隶建制，改为江南行省。新组建的朝廷分为两会、两院、十六部。
国事委员会成员名额固定为十五个正式委员，二十三个候补委员，负责事涉军国的大事决议。军政委员会改名为国政委员会，委员分为执行局委员、常务委员、协理委员和参赞委员，负责国政日常事务决议。当国事委员会与国政委员决议产生冲突时，举行联合会议，所有国事委员和国政委员共同表决，国事委员正式委员和候补委员一人有两票资格。
国事委员为终身职务，不可世袭，其去世或者主动辞职之后，由其它委员共同推举接替者，当然这其中不包含皇帝所占的委员资格，大明皇帝天然享有国事委员资格。还有一个名额属于宗室，宗室的委员资格需要国事委员从大明的宗室中推举。
国政委员暂定为常务委员三十五名其中执行委员十一名，协理委员五十二名，参赞委员八十九名、候补委员一百三十名。其中参赞委员和候补委员没有联合会议投票资格，联合会议的决议同意票必须过六成才能生效，否则以国事委员会最终决议为准。
国政委员五年一届，委员资格由下级委员会推举名额，经过上届联合会议全体成员共同表决产生（国政委员换届会议任何人只有一票，包括参赞委员和候补委员都有参与权）。同一委员资格原则上最多只有十年任期，特殊原因可以延长至十五年。
这些其实都是制度建设的问题，吴贞毓并没有过多纠缠。影响最大的只有皇权，对他这种臣子来说反倒是增加了权势。永历帝可能会有意见，但他的意见不重要，人家李振新都限制了自己的权利，你当皇帝的不牺牲一下也说不过去。大明复国中皇帝到底出了多少力，自己心中没数吗？
老吴纠缠的主要是国事委员的资格，还有首届国政委员会中，两院官员的名额。
“辅台大人、本王的意见很明确，朝廷和军政府合流，必须以我们为主，朝廷的人员只能是补充，同时以后的选官制度也以军政府的现行制度为主。”
“定西王、这样一来朝廷岂不是为你们军政府做了嫁衣？”
“话不能这么说，本来复国战争中，朝廷的人就没做什么贡献。就是现在的两个直隶府，也是我们打下来的。朝廷的人总不能啥都不干就坐享其成吧？再说军政府和朝廷有什么区别？别山、密之不都是朝廷的人？说白了这么做只是把庸碌之人踢出到朝廷之外而已。”
“哪总不能十六个部、除了礼部尚书以外，其它部都是你们的人吧。”
“这样吧，礼部、户部和教育部尚书由朝廷的人担任，其它政事部门三个侍郎你们占一个名额怎么样？”
“枢密院我们也得有名额。”
“枢密院中军政部副部长你们占一个名额，其它的名额还得给各部军头们留名额哪。”
最终谈判确定，国事委员十五个名额，原来的朝廷占三个，振新这边占四个，皇帝那边占一个，鲁王系占一个，李定国和刘文秀占两个，夔东占一个，姜振宇占一个。国政执行委员，朝廷占三个，李定国和刘文秀各占一个，剩下的人全由军政府人员担任。
李振新任国事委员会总裁，兼枢密院院长。李定国、肖正南、刘文秀、刘体纯、张名振、姜振宇任枢密院副院长。肖正南兼任军令部部长，其它职务等以后各部军头碰面后再定。
吴贞疏任国政委员会总统领、兼任礼部尚书、张同敞任常务副总统兼任吏部尚书、李定国代表枢密院出任副总统兼任兵部尚书、同时再和其他人沟通设两个副总统。
“总统大人、现在方略定了，剩下的事，你和别山还有君实他们商量着慢慢定吧。”
“邦德、还有个事！帝室的待遇该怎么定？”
“这个、等陛下到京师以后再定吧，起码得征询一下陛下的意见，这个礼数还是得有。”
“也好、现下还有个紧急事要处理，你目前的身份入京师不合适，得给你换个王爵。吾建议启奏陛下封你为平辽亲王，这样入城名分上合适一点。”
“就按你说的办吧，定西王听着确实是不应该出现在京师的样子。对了、入京师就咱们恐怕不合适吧？陛下要不赶过来出席一下？”
“陛下那边我派人去问吧、去武昌太费劲、估计得耽搁一些时日！要是京师到武昌也能通铁路就好了。”
“不着急，反正我在宣化呆着也没耽误啥事，再等等吧。”
1659年、大明永历十三年十月初八，北京城正式举行了还都入城仪式。皇帝朱由樃没来得及赶到，不过派了太子朱慈煊作为帝室的代表，代父入城。
还都仪式颇为盛大，大明太子，太子太保、国事总裁、平辽王李振新，太子太师、国政总统、礼部尚书吴贞毓，太子太傅、国政副总统、吏部尚书张同敞，太子少保、军政部长肖正南等一众在京重臣悉数出席。方以智带着京城的一众官员、名流还有百姓代表在德胜门迎接大军入城。
太子乘坐四轮敞篷马车，其他人骑马拱卫，在提前组织好的百姓焚香叩拜和欢呼下，顺利抵达德胜门下，进入京师内城