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当李渊再次见到李世勣，心里十分高兴，任命他为行军总管。[库]
窦建德不久之后便亲自率兵消灭了李商胡。李世勣背叛窦建德，群臣请求杀死李世勣的父亲，窦建德不准，义释了徐盖。
那一刻，李世勣料定自己的父亲必定会死在窦建德的手上。
当天夜里，李商胡宴请曹旦的手下将领二十三人一起饮酒，把他们灌醉后全部杀掉，随后又设计杀死了三百名曹旦的士兵。李商胡起事后，才派人通知了李世勣，李世勣的大营与曹旦相距不远，郭孝恪劝说李世勣袭击曹旦。正当李世勣犹豫不定的时候，曹旦也获知了兵变的消息，立即宣布严加戒备。李世勣知道先发制人的机会已经丧失，而且自己兵力薄弱，根本不是曹旦的对手，所以不得不和郭孝恪一起，率领几十名骑兵连夜逃离军营，策马向关中狂奔而去。
这场兵变是由一个叫李文相、外号李商胡的人发动的。李商胡是据守孟津（今河南孟津东北）的一个民变首领，拥有部众五千余人，表面上投靠窦建德，实则心存异志。李商胡的母亲霍氏也是一个江湖人物，善骑射，自称霍总管。母子俩与李世勣不谋而合，很快结成了同盟，李商胡还与李世勣结拜为兄弟，双方原本约定在窦建德南下时一起动手，欲共同袭击窦建德的大营。可如今计划落空，霍氏大为不甘；加之曹旦的军队进驻河南后，肆意侵夺骚扰，令霍氏极为愤恨，于是和儿子李商胡商议，准备采取速战速决的策略。
就在李世勣彷徨无计的时候，一场突然的兵变迫使他不得不抛下父亲，奔回了长安。
李世勣大失所望。他本来的计划是：一旦窦建德抵达河南，就袭击他的大本营，然后救出父亲，投奔长安。可现在计划却落空了，李世勣想：看来归唐是遥遥无期了。
当窦建德准备亲率大军南下中原时，她的妻子曹夫人刚好生产，窦建德只好暂时搁置了南下的打算。
窦建德深以为然，遂命行台曹旦（夫人曹氏的哥哥）率领先遣队五万人南渡黄河，李世勣率三千人前去会师。
李世勣经郭孝恪提醒，向窦建德献上了一条经略中原的计策。他说：“曹州（今山东定陶县）和戴州（今山东成武县）人口众多，被孟海公占据，他表面上依附东都，实际上与王世充貌合神离。如果我们出动大军，随时可以将其攻占，一旦平定孟海公，进而进逼徐州和兖州，河南之地便可不战而平。”
李世勣在窦建德那里，深刻体会到了身在曹营心在汉的人生困境。尽管李世勣一心想着再度归唐，可父亲在窦建德手里，让他投鼠忌器，一筹莫展。
正月三十日，李世勣来到了长安，他是从窦建德的军中逃出来的。
正月二十九日，李渊起程返回长安，专门督办这件事。
李世民率轻骑前往河东觐见父皇。父子俩就眼前局势交换了看法，认为突厥人是解决刘武周的最大变数，它将一直影响到唐军平定天下、收拾东方群雄的大业。突厥始毕可汗早在去年二月便已病逝，他的弟弟继位，人称处罗可汗。处罗可汗还没有享受过与大唐结盟的甜头，他在受到刘武周送上的宝物诱惑后，派兵参加了攻打太原的行动。李渊和李世民商定，立即向处罗可汗派出使节，送上大量刘武周无法比拟的绸缎和珍宝，请求处罗可汗断绝与刘武周的联盟，恢复与大唐的传统友谊；并顺便请求处罗可汗派军队加入到唐军这边，对刘武周作战，等到将来收复太原后，必将给予厚报。
随后，李渊下令将王行本、独孤怀恩等人押回长安处决。
随后李渊派遣使者入城，命独孤怀恩过河觐见。独孤怀恩不知道计划已经泄露，单独乘一艘小船来到李渊的大营，刚刚进入营门，连李渊的面都没见着，独孤怀恩就被逮捕了。
听完刘世让气喘吁吁的奏报后，李渊惊出了一身冷汗。他感慨万千地说：“朕能逃过这一劫，实在是天意啊！”
就在李渊刚刚上船，准备前往独孤怀恩大营的时候，刘世让一路策马狂奔，终于在这千钧一发之际赶到了渡口。
与此同时，李渊已经离开了长安，来到了黄河岸边，准备渡河；而独孤怀恩也已入据蒲坂，在城中布下了一个天罗地网，专等着李渊到来。
唐俭闻言，意识到毫无防备的李渊随时可能会遭到独孤怀恩的毒手，顿时心急如焚。不久，唐俭又听到了王行本投降，李渊亲赴蒲坂受降的消息，他大为惊恐，料定独孤怀恩肯定会趁此机会发动兵变，谋杀李渊。此时，唐俭被困在尉迟敬德的营中，没有办法把消息送出去，情急之下他想到了一个办法，他向尉迟敬德建议，让他释放行军总管刘世让，让他回去劝说李渊放弃河东，与刘武周言和。尉迟敬德觉得这个建议不错，随即释放了刘世让。唐俭就将独孤怀恩企图谋反之事告诉了他，让他火速面奏李渊。
后来李世民在美良川伏击尉迟敬德，独孤怀恩趁乱逃回长安。一直对他深信不疑的李渊又交给了他一支军队，命他继续进攻蒲坂。就在这时，元君宝对唐俭说：“独孤尚书能逃出大难，再回蒲坂，真是命中注定要当帝王的人，可谓王者不死啊！”
唐俭大吃一惊，他万万没有想到位高权重的外戚独孤怀恩居然有了谋反之心。
正当独孤怀恩紧锣密鼓地实施自己的大计时，他