这样一个不同以往的皇帝继位，迅速稳定人心，并获得江西、广东、广西、云贵、贵州等地方督抚的承认，成为继弘光帝之后公认的南明统治政权。
而隆武帝继承大统之后，也迅速的抛弃了弘光帝所奉行的联清剿寇的战略，由联合流寇共同讨伐蛮清的政治基础。
而反观蛮清，未加抵抗就获取江南，席卷全国指日可待，以多尔衮为首的蛮清权贵接连发出剃发令等法令，以图奴役中国，将其永远的变为自己殖民地。
后来的历史表明，满族统治者的这一措施基本达到了预期效果。汉人逐渐淡忘本民族服饰，习惯了满族的发式和服装。
到辛亥革命推翻清帝国，号召民众剪去辫子时，竟然有许多被蛮清思想洗礼后的奴民不愿意剪，其中原因之一就是害怕剪去辫子后被官府杀头，可见“留头不留发，留发不留头”的“剃发易服”政策对汉族影响极深。
蛮清剃发令这一臭名昭著的历史可以追溯到天命六年(1621年)，攻下辽阳，“生擒御史张铨，其余官民皆剃发降”。不久辽东各地大小城池尽入金人手中，“官民皆剃发降”。
在那以后，蛮清只接受“剃发归降”，投降的百姓叫“剃发降我之民”。
攻下城池而官民没有剃发，就不算真的降服，蛮清是要大加杀戮。如此辽东本为汉家儿郎世居之地，从春秋战国时燕国就在此建立郡县，就这样变成了蛮州。
蛮清进入北京，虽然曾经强硬推行剃发令，但是遭到大多数官员，包括一些投靠蛮清官员的反对，这帮读书人认这个死理，在形势危急的时候，老子被迫投降你，做了汉奸，本来就是一桩非常耻辱的事情。
现在蛮清兵威所至，一路望风披靡，在这种情况下，在汉奸孙之獬等人上书之下，多尔衮再次推行剃发令。（在隆武元年（1646年），这个孙之獬衣锦还乡，而恰恰这个时候山东发生谢迁起义，这个孙之獬为农民军所捉，被五花大绑游街示众，最后全身插上针孔，插上毛发，被农民军斩首市曹，暴尸通衢。）
对蛮清攻入江南，江南士民最先反抗还不是非常强烈，现在看到竟然要剃掉祖宗遗留下来，看到蛮清与已经剪掉鞭子投降的汉奸疯狂的叫嚣：留头不留发，留发不留头。
在蛮清、汉奸的疯狂欺压下，江南民众喊道：头可断，发不可剃的口号以实际行动对抗蛮清这种暴行，在江阴，在嘉定，在浙江接连爆发起义，其中阎应元等人领导的江阴八十一日最具有代表意义。
隆武元年（公元1645年）阴历六月二十，伪知县方亨得到蛮清剃发令，激起民变，民众杀死伪知县，推举前后两任典吏阎应元、陈明遇为首，以“大明中兴”为旗号，自称江阴义民正式反清复明。
听到江阴百姓造反，先是清常州知府宗灏派出三百兵丁前往镇压，接着是降将刘良佐统重兵包围江阴城，接着蛮清恭顺王孔有德率所重兵来攻，最后多铎又派贝勒博洛和贝勒尼堪带领满洲兵丁携带红衣大炮前往攻城。（博罗、尼堪后来都被蛮清封为亲王）
但即便这样，以阎应元、陈明遇为首的江阴不屈不饶，坚持抗清八十一天，给蛮清以沉重打击。