李宾之沉吟片刻说：“刘公公的罪有多重，是否要治罪，我们不能空口无凭做出判断，或者只听一家之言，我建议还是再细致地调查一下。如果刘公公有罪，皇上处罚他可以体现皇上的公正无私，堵住天下的悠悠之口；如果他没罪，或者罪不至死，可以即可释放了刘公公或者轻罚一下，也能让大家明白皇上的用心良苦。”众人点头称是。皇帝对他的话也很满意，他知道李宾之和刘瑾的关系不错，以为他这样做是为了救刘瑾。心里暗自赞道：到底是李宾之，总是能周全地照顾各方。这样一来不仅保全了皇帝的面子，体现皇帝的公正无私，还能保住刘瑾的性命。而且李宾之说话总能说得很漂亮，这让皇帝很欣慰，不像原来内阁大学士刘健和谢迁那些人似的，老是冲撞他，甚至把他这个皇帝逼得没有了退路。
然而，调查一旦开始，事情的发展就非常迅疾而且结果出乎意料，根本无法按照皇帝预计的轨道行驶。到第三天皇帝听说在刘瑾家查抄到巨额的财产数目时他简直不相信自己的耳朵，刘瑾家里居然有二十四万锭的黄金和五百万锭的银子，这是什么概念？是现在国库的四十倍，比他的内库也多了二十倍多。皇帝突然爆发出一阵大笑，最后笑得眼泪都流了出来。原来张永他们说的竟然都是真的，刘瑾他不过一个奴才竟然敢侵占他的财富。他竟然还一直相信他的忠诚，为了救他煞费苦心。笑罢，皇帝一挥手，说：“走，我倒要看看那么多的钱是怎样的一个景象。”
于是皇帝亲自到刘瑾府上查看，见到那一箱箱的码得整整齐齐的金锭银锭，还有那成山的珠宝，更是气不打一处来，这完全是一种耻辱。李宾之也面色很难看，做出一副自己信错人痛心疾首的样子，后来还是鼓足勇气对皇帝说：“皇上，还不止呢。”于是带他去了后院的仓库，里面密密麻麻摆着盔甲、弓弩，还有衮衣、玉带等物，士兵们甚至还找到一条通往宫内的密道，密道很新，泥土还是湿的。士兵们在刘瑾的卧室里还找到一柄藏在扇子里的匕首——除了用来行刺皇帝还能用来做什么？！皇帝顿时大怒，叫道：“这狗奴才果然要造反！给我严惩法办！”原来只想把刘瑾谪降到南京的打算早已忘到九霄云外去了，立刻下令把刘瑾下狱严审。被没收的财产即可充到皇帝私库中去。
从此开始朝廷的风向立刻发生了转变，第二天弹劾刘瑾的奏折雪片似的飞来。最后，都察院给刘瑾定下三十六条的罪名，皇上看过后毫不犹豫即下令处以磔刑。
八月二十九日是在紫禁城午门对刘瑾行刑的日子。照理，刑期可以拖延到秋天霜降以后执行。这叫顺应春生夏长秋收冬藏的天时。但刘瑾属于谋反的第一重罪，所以不用等到秋后就可以问斩了。刘瑾被带到时，朝廷大臣们基本都在现场了。这时候他们看到的刘瑾哪里还是那个飞扬跋扈的司礼监大太监，他一下变得非常苍老，就是一个佝偻着背的普通老头。但刘瑾还是极力保持自己的威严，他气急败坏地大声质问道：“你们当中有谁没受过我的恩惠？一个个竟然如此忘恩负义，我死后做鬼也不会放过你们！”在他凶戾的目光注视下，好几个人都瑟缩了，纷纷后退。
一个督察御史厉声责问他：“皇上待你恩重如山，你为什么还要造反？这不是大逆不道是什么？“
”谁要造反，你别血口喷人！”
“那你家里有那么多盔甲该如何解释？”
刘瑾冷笑了，说：“欲加之罪何患无辞，我一个奴才又没有后代，现在又享受着天下最大的荣华富贵，我怎么会造反？分明是诬陷。”众人被他说的哑口无言。这时一个年轻人走了出来，冷笑道：“既然知道自己只是一个奴才，为什么刚才口口声声说什么你的恩惠？就凭着你的这句话就是犯上作乱的大罪！普天之下，莫非王土，率土之滨，莫非王臣，你一个伺候皇上的太监既然对大臣说什么你的恩惠，这不是罪该万死是什么？”
刘瑾哑口无言，颓然倒地，最后被带上刑架处以凌迟之刑，就是从他身上把肉一片片地割下来，整个行刑时间要持续三天时间。刽子手先从其胸脯割十刀，然后对着他大声吆喝，不让他昏过去，即使昏过去也要把他弄醒过来，然后再割十刀，如此反复。身娇肉嫩的刘瑾第二天就熬不住了气绝身亡。但第三天刽子手还是继续在他的尸体上割肉，直到割足了三千三百五十七刀。行刑完毕后，刘瑾身上割下的肉片被受过其害的人家抢着买下来吃掉，因为大家争相购买，最后都卖到一文钱一块肉。
刘瑾死后他的罪行在各地张榜公布，朝野无不称快。一个月内，他的改革措施都被废除了，到了十月，刘瑾的党羽大部分不是被处死就是被撤职。吏部尚书张彩被逮，死于狱中。刘宇、焦芳等人已致仕，也削籍为民。刘瑾的亲信锦衣卫指挥杨玉、石文义等被处斩。尚书、侍郎以下依附刘瑾的官员多人陆续被罢黜。而之前因为弹劾刘瑾而被下狱的大臣都官复原职，比如“侍郎上书案”中所有的官员。
仇钺因为平乱有功，给晋升奖励为征西将军，封咸宁伯，署都督佥事，镇守宁