于是建筑师不死心，还以为这是因为人类不适应新环境，所以又以人类历史为背景重写了rix，让人类生活在某个他们的祖先曾经生活过的历史年代里。可这一代rix还是失败了。之后机器世界的最高管理程序建筑师这才意识到，它们对人类心理的了解实在太少了。于是它们编写了一个专门用于研究人类心理的高级程序——它就是“先知”。
而在这个新的机器程序先知的帮助下，建筑师的脑筋开始变得有点会转弯了。它为rix加入了一些数学上的随机性，rix终于有了一些自由度。irx里的人类开始有了一些让自由意志运转的余地，人的命运在这一版的rix里有了一些随机性。这样的rix就更接近现实世界了。
但是这一版rix还是有问题，问题主要来自两种。
第一类：人类中的叛逆之徒，因为即便是人类社会，人类中也总有1％的人“天生反骨”，这一小撮刺头总是天天怀疑rix是不是真实的。于是他们就成了系统的。如果放着他们不管，rix还是会崩溃。
为了对付这种，建筑师的方法是：允许那1％不太老实的人类觉醒，从rix中脱离。既然他们留在rix中会危害系统，那么索性就让他们离开。于是，机器世界放任这些觉醒叛逆分子在现实世界的地底造了一座叫锡安的城市，同时也默许他们时而接入rix，成为，进行抵抗运动。这也是二、三两部续集中对第一部最大的颠覆：第一集中象征着人类自由的黑客，其实根本就身处建筑师的局中而不自知。
第二个源自程序自己，由于rix系统的不断改进，一些旧的程序会不时被删除。但是由于ai的高级先进，rix中的这些程序除了本来被设计出来的属性外，也越来越多地沾染上了人类的思维方式与情绪。比如说，它甚至变得跟人类一样有了“怕死”的本能。这是rix里最有趣的设定之一。
这样一些不想死、不想被删除的程序，rix里躲了起来。第二集里的法国人就是这类程序中的佼佼者，他不但自己成了rix世界里最大的法外之徒，同时也为其他非法程序提供庇护，俨然是rix里最大的地下国王。
于是这些多起来的非法程序，太多的话，rix也有崩溃的危险。对于这一类，建筑师的对策是：集合他能找到的与非法程序有关的代码，编写了一个叫做“救世主”的程序，也就是主角。而第二部法国人的言论以及sh探员与主角的命运纠葛就很容易看出来，主角程序与这些非法程序无疑是同类型的存在。而且，是他们的集大成者。
然后建筑师把这样一个程序植入某个人类的精神中，于是主角就诞生了。在rix的世界里，程序产生的意识和人的灵魂的差别其实已经很小了。这点第三部里的印度人一家其实就是程序，而它们显然就有了人类的感情。人与程序的不同仅仅是载体不同而已，程序的载体是芯片，灵魂的载体是人脑。所以程序和灵魂完全是可以结合的。他们的结合产生了新的物种，不属于机器，也不属于纯粹的人类，他们的精神，其实是跟主角一样的人脑产生的神经信号与程序代码的结合体，这也是建筑师与先知的最终目的，让机器与人类相融合，建立一个不分彼此的世界。
不过在这种世界建立之前，rix和现实还需按照设定好的演变。所以每一次当机器威胁到锡安中觉醒的人类时，抵抗军的黑客们就会遇到先知，而先知会让黑客们去寻找救世主，也就是主角，因为救世主能帮助他们打败机器。而这，显然是建筑师和先知的安排。
当主角被找到后不久，它的超能力就会觉醒——这也是他身上那些代码被激活，开始自己使命的一刻。而其他非法程序如法国人、白化兄弟、sh探员的互动中，他自己身上的非法程序代码也会演进，最终演进成非法程序的集大成者。也就是说，通过与们的互动，救世主自己最后会成为之王。
随后，主角会在先知的指引下，率领着黑客们来到rix的代码之源，而主角会在这里见到建筑师。在被告知上述真相后，救世主不得不带着身上的非法程序代码、遵从建筑师的安排返回代码之源，将自己身上集大成的非法程序融入。
这个代码库就相当于是一个收集病毒代码，专门负责把代码写入防火墙的病毒库。一旦完成后，rix就在此基础上升级重载，而重载后的rix代码源由于已经内置上一个版本的病毒库，因此原先那些非法程序就可以被新一代的rix制约了。所以，救世主，也就是主角的真正使命并不是引领人类对抗机器，而是为rix升级病毒库，或者说是帮rix这个系统de。
听到这里，导演沃卓斯基兄弟中的安迪·沃卓斯基疑惑道：“主角应该可以选择吧，选择帮助建筑师或者人类。”闻言，拉里·沃卓斯基点点头：“主角的身份被安排成人类的救世主，从情感上来讲，他应该会帮助人类，这点与设定就又有冲突了？”
“不行。”
少恭摇