“在江南，找一百万银子容易得紧，找二十万石粮米太难了！”这是清军将领们的一致看法。
但是，他们只是看到了现象或者是结果之一，却不知道根源所在。
这是所谓的资本主义萌芽导致的大量经济作物挤占了粮食作物空间，也就是历史书上记载的“桑占稻田”、“棉占麦田”等现象。明末清初，江南地区大量原本种植粮食作物的土地被转而种植经济作物。比如曾经以“苏松熟天下足”而著称的松江府、太仓州的耕地在总体上已形成了稻田和棉田各占一半的格局，部分县的棉田面积超过了稻田面积。
在明末清初张履祥的《补农书》就提到“桐乡田地相匹，蚕桑利厚……地之利为博，多种田不如多治地。”与此同时，棉花生产粮食生产的比价也发生了变化，山东等地生产的棉花，经“贾人转鬻江南，为市肆居焉，五谷之利不及其半矣。”种粮食不如种棉花种桑树赚钱，于是便出现了桑争稻田和棉争粮田的局面。横竖只要是有了钱，总能买得到粮食的。
明末清初，中国农业在桑争稻田和棉争粮田之后，耕作制度的改变是进一步向着多熟制方向发展的，由于桑棉占用了大量的粮田，所以多熟制的发展是以提高粮食产量为出发点，一个方面是在粮田中生产出尽可能多的粮食，如稻－麦、稻－春花（蚕豆、油菜等）、稻－豆、稻－荞麦等，其中最引人注目的就是双季稻的发展；双季稻在唐宋以前就已出现，但主要是以再生双季稻为主，直到明代前期，闽广一带的双季稻还是间作双季稻，明代中后期以后，连作双季稻才得到发展。《天工开物?乃粒》中说到：“南方平原，田多两栽两获者，其再栽秧，俗名晚糯，非粳类也。六月刈初生，耕治老稿田，插再生秧。”在双季稻的基础上再加上各种小麦，发展为麦－稻－稻的三熟制。粮田多熟制的发展，促进了单位面积产量的提高，为缓解由于桑争稻田和棉争粮田所引起的粮食种植面积下降，粮食减产起到了积极的作用；另一个方面就是在棉田和桑田中尽可能地挤种粮食，以减少由于桑争稻田和棉争粮田所引起的粮食减产，如《农政全书＞＞所说：“凡高仰田可棉可稻者，种棉二年，翻稻一年。”实行棉稻轮作，《农政全书》中还提出了一种棉田间作，“预于秋冬耕熟地穴种麦，来春就于麦陇中穴种棉。但能穴种麦，即漫种棉，亦可刈麦。”这也就是褚华在《木棉谱＞＞中说的“麦杂花”，“种棉者，或共大麦下种。夏获麦，秋则获棉，谓之麦杂花。”除麦以外，棉田间作套种的作物还有大豆、芝麻、玉米、绿肥等，据康熙《嘉定县志》的记载，“今佃户杂种诸豆于棉花两沟之傍。若棉花或败，犹得豆以抵租也。”需要指出的是，棉麦等的轮作复种、间作套种在北方也已采用，《群芳谱》中说：“凡田，来年拟种稻者，可种麦；来年拟种棉者，勿种。……若人稠地狭，万不得已，可种大麦、裸麦，仍以粪力补之，决不可种小麦。”桑间种很早就已出现，明清时期桑间种植得到进一步的发展，如《群芳谱》中提到“蚕豆……两浙桑树下，遍环种之。”另外桑争稻田的发展还导致了桑基鱼塘的出现，即将稻田挖深成池塘，把泥土复于四周成基，池塘用来养鱼，基地用来栽桑。在提高桑叶产量的同时，用养鱼的方法来弥补因桑争稻田所致的粮食不足。