最终，正片开始于美国国会的一次听证会。
出席者是山姆·尼尔饰演的古生物学家艾伦·格兰特和蕾妮·罗素饰演的古植物学家埃莉·斯特勒。Ъ
三年时间，两人已经结婚，成为格兰特夫妇。
出于对个人职业的热爱，即使第一次恐龙岛经历差点丧命，得到哈蒙德博士的同意后，两人又悄悄重返恐龙岛，并且在岛上安家，对恐龙复活的生物学奇迹进行更深入研究。
这次听证，正是开篇无齿翼龙袭击事件的延续。
开篇的直升机编队大战无齿翼龙来自于《侏罗纪公园》第一部结尾埋下的伏笔，历经磨难的主角们乘坐直升机离开时，由于恐龙岛上的基础设施严重损坏，一群无齿翼龙逃脱牢笼，飞往岛外的世界。
续集的时间线与现实并行，设置在恐龙岛事件三年之后。
三年时间，这些在天空中几乎没有天敌的上古生物迅速繁衍，并且引起越来越多的注意，世界各地都出现诸如各种水怪传说一样的奇闻报道。
关于恐龙复活的消息也越来越多夹杂在这些报道当中。
直到续集开场，一群无龙袭击了夏威夷的一座小镇，并且造成了严重伤亡，事情彻底无法隐瞒，全球各国民众都开始强烈要求政府必须公开真相，还有动物保护组织在报道公开后强烈指责美军对无齿翼龙的屠杀。