于是，清军开始集结。河北、山东和河南的清军绿营被要求在一个月多一点的时间内便集结完毕，沿着运河与南下的皇帝会师。满清为一次击败李存真，又征调辽东部分清军入关参战。
清军大军浩浩荡荡南下，其中包括满汉蒙八旗士兵五万，精锐绿营战兵七万，以及辅兵、工匠和随军民夫十二万，共二十四万人，乘二百八十艘大船，三百七十多艘小船，其余不得乘船的则沿着运河南下。
顺治皇帝自任元帅，从征的许多都是满蒙贵胄，其中包括安亲王岳乐，显亲王富绶，康亲王杰书，敬谨亲王尼思哈，简亲王济度，信郡王多尼，敬谨贝勒兰布，辅国将军握赫纳，领侍卫内大臣钮祜禄·遏必隆、爱新觉罗·班布尔善，镶黄旗满洲都统又称固山额真瓜尔佳·穆里玛等，此外还有大批的贝勒、贝子、镇国将军、辅国将军。