且说，经过一夜激战，杨再辉的人马杀散了内城的清军。一路来到狮子山下。狮子山上有八百清军驻守，这八百清军看到南京城内火光冲天，早就已经心惊胆寒。杨再辉早就杀红了眼，率军队仰攻狮子山，清军便坚持不住开始有人丢下同伴逃窜。当掷弹筒投掷出的手雷在清军中爆炸的时候，清军以为李军的大炮推上来了，士气彻底崩溃，飞也似地逃下狮子山涌向钟阜门，打开城门便逃。这八百清军一路向东逃过神策门的时候正好与玛尔塞、噶褚哈的满兵碰上了，于是将近两千清军便一起沿着长江朝东逃去。
赵无极、白驹、吕英杰、何天骄率军从神武门追出，又碰上关盛年等人，此时天已经蒙蒙亮了，两军汇合一同追击清军。关盛年骑着马，可是手下的士兵救火时将马匹丢在成贤街外面，大多徒步追赶，在黄册库转悠了大半夜早就已经疲惫不堪。
清军也已经累得不成样子，为行动便捷纷纷丢下盔甲仓皇逃窜。李军士兵追击一夜十分疲惫，铠甲沉重行动不便。只有关盛年率领二十多骑兵追赶，何天骄更是神勇，好似浑身有使不完的力气，见了满兵便开弓射杀，偏偏他射箭又准，一夜之间竟然有六十人死在箭下，此时箭壶里面空空如也，马也跑不动了，他下了马，迈开大脚追杀清军，双腿如风，大步流星。玛尔塞和噶褚哈见到面如重枣，手提青龙偃月刀的将军早就已经吓得魂不附体。又见一个高大的汉子居然双脚如飞更是惊惧。两个人丢下盔甲，混在士兵当中逃窜。关、何二人率军又追了二十多里，抓了三百多俘虏。杀散一众清军而还。
两天后，玛尔塞和噶褚哈收拢了七百多残兵继续东进，来到高资镇。高资镇位于镇江和南京之间。清军饥饿，又见高资镇富裕也不管里面有多少士兵把守，全力攻打高资镇。高资镇李军守军仅仅二百多人，全是辅兵，见清军如狼似虎地扑了上来，大叫一声逃散开去。
当武达摩、李茂之率军冲进满城的那一刻，满兵便知道已经到了最后的时刻。喀喀木挥舞战刀大喊：“大清的勇士们，报效皇上的时候到了，杀啊！”
满城内的兵丁和男女老幼叫嚷着一起朝着李军冲杀而来。李存真是穿越者，参考天平天国攻破南京的故事，他知道到了最后的时刻满人一定会拼命的。因此早有准备，使武达摩率军稍一吸引满兵便退到两旁，南洋火枪兵接到命令，举起四百多只火枪对着满兵开火，瞬间便将冲在前面的满兵打得血肉模糊。再一轮齐射，满人冲上来的男女死伤一地。
喀喀木站在屋墙的缺口处推进来的时候，仰天长叹：“皇上，奴才对不起你啊！”下令放火，转瞬间，满城便烧了起来。
“冲进去！”李存真下令道，“遇到反抗的就干掉，但是妇女和儿童能救下来的都救下来，让铁甲军上，告诉兄弟们注意自己的耳朵和鼻子别被咬下来。”
“是！”武达摩回答道。
且说，李存真抓住时机，趁南京最虚弱的时候给予奋力一击。仅仅用了五天时间，南京便被攻克。这一战，歼灭清军两万多人，江南巡抚朱国治，总督郎廷佐被俘。满清驻江宁将军喀喀木自焚而死，满兵将校一千多人具战死，四百多人被俘，其中就包括巴勒山全家和萨哈林。李军由于进攻混乱，上下级关系不够明确损失了一千多人，其中老兵损失了二百多人，姜诚进攻二月楼老兵一次便损失了五十六人。
南京终于回到了汉人手中。李存真站在洪武门上，八九点钟升起的太阳映照在他的脸庞上。他的脸红堂堂的，好像成熟了的桃子。洪武门前的小广场上，满是呼海啸的人群。
“大头领，我们拿下南京了，拿下南京了！”李茂之、赵无极、常琨、吕英杰、何天骄、白驹、武达摩、关盛年、杨再辉等一干跟随他十几年的兄弟，在他身边兴奋得高声喊叫，“万岁，万岁，万岁！”
马逢知击败满兵，率领自己的左膀右臂上了洪武门，见了李存真立刻单膝跪地抱拳行礼说道：“大头领勇猛非常，智如孔明，我马逢知心悦诚服！”
洪武门下的人们兴奋地叫喊着，跳跃着，狂喜的表情在他们的脸上复现。南京市民纷纷剪掉自己的辫子一边高呼万岁，一边把辫子抛向空中，有的人撕碎了自己的马褂仍在地上奋力地用脚踩踏。士兵们举着枪高呼，不时地还朝天空放枪，在人群中腾起一阵阵白烟。
然而，李存真此时好像什么都没有听见，他激动得热泪盈眶，嘴唇颤抖地念叨着：“十三年了……十三年了……我竟然占领了南京……南京……十三年了……十三年了……这是我的南京……”