于是，王业泰下令，把府库中的各种粮食物质装船，运往旅顺。
既然出兵，就不能白来一趟。这些物质落在自己手中比落在其他官员手中要强，至少自己会把它们都用在和建奴的战场上。
接下来一个月时间，王业泰在登州按兵不动，并把大量的物质装船运往旅顺。而莱州府城，大战却打的热火朝天。
孔有德还未来得及撤兵回到登州，耿仲明已经率领败兵逃到了莱州。孔有德无奈，只能下令继续强攻莱州城。登州已经丢了，若是再拿不下莱州，等待数万叛军的将是非常惨烈的下场。
然而，徐从治与谢琏却带着莱州军民死守不退，徐从治甚至守在城墙上，亲自指挥军队作战，中箭伤而不退。
一时间，孔有德叛军竟然拿莱州城没有办法。
而与此同时，明总兵邓圮、王洪已率川兵万人自昌邑来援，屯兵在莱州四十里外。而辽西团练总兵吴襄奉朝廷命令，带着八千辽西兵已经进入到山东境内。内有莱州攻不下，周围明军云集而来，老巢登州被王业泰打下，叛军的局势岌岌可危。
这种情况下，叛军内部也发生了争执。毛承祚陈友德等心生恐惧，纷纷建议投降。毛承祚陈友德等人的军队几乎占了叛军一半，孔有德无奈之下，只能派人进入登州，要求明军招抚。
而此时。山东巡抚徐从治已经重伤不治，谢涟闻听孔有德愿降，大喜，忙派出手下和孔有德谈判。
而此时，登州和莱州之间已经通过海路建立了联系。王业泰得知谢涟要招抚孔有德，连忙派人乘船往莱州阻止。像孔有德这样的人，心中没有一点忠义之心，即便现在迫于形势投降，早晚必生祸患。
不过王业泰也知道，像谢涟这样的明朝官员，一个个都非常的有主见，未必肯听自己这个勋贵武将的。
于是，王业泰留下一千军队守登州，亲率五千士兵乘坐战船向莱州而去。
果不其然，还未到达莱州，便听到孔有德试图靠着谈判拿下莱州城的消息，幸亏莱州城守军机警，才没让孔有德得逞，但是登莱巡抚谢涟却被孔有德抓住了。
王业泰率领军队从海路而来，让失去了两个巡抚的莱州官兵顿时有了主心骨。
平辽侯，辽东总督，屡败建奴的大明第一战将，王业泰的威名让莱州城内将领和官员心甘情愿的把指挥权交给了王业泰。
王业泰入主莱州后第一道命令，便是取消和叛军谈判，并给各路明军下令，命令他们火速率军赶到莱州城外，配合莱州守军共击叛军。王业泰以五日为限，若是五日不到的将领，一律军法从事！
王业泰率领平辽军到了莱州城，对各路明军来说简直是天大的喜讯。有战无不胜的平辽军在，他们对叛军再无一丝畏惧。于是，邓圮、王洪等将率领军队纷纷向莱州赶来。便是吴襄也丝毫不敢延迟，率领关宁铁骑狂飙猛进，一日行军一百二十里，向着登州进发。
在等待各路明军的同时，王业泰暗中派人去见毛承祚、陈友德等人，告诉他们，若是能杀掉孔有德耿仲明，则会赦免他们的罪过。
绝路之下，毛承禄等人再也顾不得同为东江军的情义，悍然发生了内乱，毛承禄、陈友德各率军队向着孔有德耿仲明发动了猛攻。
一时间，叛军内部自相残杀起来。
王业泰在莱州城头看着好戏，谁胜谁负对他来说都是无所谓。
一番激战之后，毛承禄不是孔有德的对手，率领残兵逃到莱州城下，请求明军保护。而孔有德击败毛承禄后，也已经精疲力竭。
而就在此时，邓圮、王洪和吴襄各带军队杀到，向着叛军发动了猛烈的进攻。
一番激战后，叛军大败，孔有德死在乱军之中，耿仲明投降后，被王业泰下令斩首。
至于一开始投降的毛承禄、陈友德，王业泰信守承诺，没有杀掉他们，但他们手中的军队却被整编，取消了他们军权。
于是，在王业泰到达登州一个月后，孔有德之乱彻底平定！而经历了近半年的战乱，整个胶东半岛满目疮痍。
山东经历了建奴入侵，又经历了孔有德之乱，大半的山东成了废墟，无数的百姓流离失所。
就在这个时候，王业泰挂出了招人的旗帜，招募山东百姓前往辽东垦殖。凡是愿意往辽东去的百姓，每个成年男丁给二十亩的田地，妇女孩童减半。王业泰许诺，这些新开垦的田地，三年免交田赋。
驱赶了建奴之后，诺大的辽东地广人稀，急需要有人垦殖，山东百姓是最好的人选。
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