出兵讨伐高句丽一事就这样定了下来，但出兵一事非同儿戏，兵马的调动，粮草后勤等，这些准备都需要时间。
没有个一年半载是无法出兵讨伐高句丽。
自百济叛乱平定之后，百济经兵火战乱，百济受到严重破坏，就连房屋多是残缺不全，到处都能见到死者的尸体，刘仁轨命人死者的骸骨掩埋。
命人对百济人民重新登记户籍，设置官署任命官员，治理村落，修路架桥，修补堤堰，恢复陂塘，鼓励百济人民种田养蚕等农业生产。
救济贫困人家，并赡养孤寡老人，替他们建立唐朝的土、谷神坛，颁布唐朝历法和已故皇帝名讳。
百济人民因为生活便好而感到十分高兴，全境各安其业。
然后刘仁轨又尽心尽力去治理屯田，储备粮食，训练士卒，为进一步图谋高句丽而做准备。
李承乾下诏，让刘仁轨镇守百济，一切事务全部交由刘仁轨，召孙仁师和刘仁愿回朝复命。
白江口一战之后，倭国大败，彻底领教了唐军的厉害，倭国国王天智国王被吓得不轻，时常担心唐军会渡海而来消灭他小小的倭国。
刚好，此时唐朝的使臣抵达倭国，质问倭国国王，天智国王不得不低头认罪。
于是，在大臣的建议下，天智国王派出遣唐使和唐朝使臣一同前往大唐谢罪，并学习唐朝的文化。
六月，大明宫彻底完工，李承乾便下令从太极宫搬迁到大明宫居住，将太极宫称为西内，二十五日开始在紫宸殿听政。
“陛下！左骁卫将军刘仁愿已经回到长安。”王泉向李承乾禀报。
“刘仁愿他们回来了！现在人在哪里？”李承乾问道。
“刘仁愿正在殿外侯着，等待陛下您的召见。”王泉说道。
“那便宣他进来！”李承乾道。
“宣左骁卫将军刘仁愿觐见!”王泉领命转身朝殿外喊道。
刘仁愿听见传唤，急忙整理好衣冠，走了进来，见到李承乾之后，行礼道：“臣刘仁愿拜见陛下！”
“免礼平身，赐座！”李承乾道。
“谢陛下！”刘仁愿谢恩起身，自有宦官给他搬来把椅子，放到一旁让刘仁愿坐。
“这次平定百济叛乱，又在白江口一战击溃数倍与己方的倭国武士，你的功劳不小，朕要好好的赏赐你，擢升左骁卫大将军，赏赐锦帛百匹，御马一匹，你的子孙入弘文馆读书。”李承乾道。
“臣谢主隆恩！”刘仁愿急忙起身行礼谢恩道：“陛下！此次能够平定百济叛乱，击溃倭国武士，这并非臣一人之功劳。”
“检校带方州刺史刘仁轨指挥有度，才能这般顺利平定百济叛乱和击溃倭国武士，刘仁轨理应头功。”
“你能够不居功自傲，将他人的功劳居为所有，朕甚悦！”李承乾道。
“非臣的功劳，臣不敢贪功！”刘仁愿道。
“你人在海东，而你又是武将，但是这前后写来的奏表文书，皆合乎礼仪，又有文采条理。”
“朕曾经也看过你的奏本文书，却与这几次的大有不同，反而不像你能够写出的一样。”
“朕倒是十分的好奇，你是怎么做到的？”李承乾问道。
这前后对比，简直就是两个人的手笔。
可通过字迹对比，又都出自刘仁愿一人之手，李承乾猜想，肯定是有人在背后教刘仁愿这么写，而这个人很有可能就是刘仁轨。
只是李承乾还不能太过确定。
“不瞒陛下！这些哪里是臣能够写的出来，全是刘仁轨教臣这么写，全是刘仁轨所做，不是我能办到的。”刘仁愿道。
这些他不敢有所隐瞒，一旦被查出来，那可是欺君之罪，那可是要诛九族的。
何况这不过是一件小事，说出来还能表现自己的光明磊落。
“好！你能实话实说，朕很是欣慰，真早就怀疑你呈上来这些奏表文书，并非出自你刘仁愿之手，而另有他人。”
“你的这番话证实了朕的猜想，这刘仁轨不愧是我大唐的股肱之臣，不仅文采出众，还深得为官之道，实属难得。”李承乾笑道。
“是呀！刘公在百济不仅运筹帷幄之中，决胜千里之外，让将士们对他心悦诚服，就连治理地方，安抚百姓也是及有一套，百济人民也都对他心悦诚服。”刘仁愿说道，他打心里敬佩刘仁轨。
“王泉，传诏，晋升刘仁轨六级官阶，正式任命刘仁轨为带方州刺史，命工部为刘仁轨在长安建筑住宅。”
“并给他的妻子儿女优厚的赏赐，允许刘仁轨之子入弘文馆读书，与功臣后代和皇室宗亲同读。”
“并派使者带着盖有天子玺印的文书前去百济，对刘仁轨进行慰问和表彰。”
“另外，将朕最近刚得到一件貂皮袍子，也一并带去百济，赏赐给刘仁轨。”李承乾道。
“诺！奴婢这就让人去办!”王泉叉手行礼道。
一旁的上官仪急忙行礼道：“陛下！自刘仁轨被撤职以后，能为朝廷尽忠，刘仁愿秉节制而能推举贤才，皆可谓是君子。”
“上官仪说的对，刘仁轨、刘仁愿皆是君子也！”李承乾笑道。
“陛下！这次臣回来，刘仁轨让臣代他像陛下进言。”刘仁愿说道。
“哦！刘仁轨有什么要求，你说说看，只要是朕能答应的，朕无不不准。”李承乾道。
“刘仁愿说，现在百济刚刚经历战火的洗礼，正式百废待兴，人心思动的时候。”