天启初年是东林党的鼎盛时期，大量东林党人复职，担任朝廷重要职位，齐楚浙党被逼到了困境。由于东林党奉行严格的二元对立道德标准，许多原本中立的正直官员也被逼到了反东林阵营。与此同时，宦官魏忠贤由于深得熹宗信任，成为了权倾朝野的关键人物，反东林势力渐渐聚集到他麾下。东林党与阉党的冲突愈演愈烈，东林党人多次指责阉党“奸臣乱政”。天启五年，魏忠贤借“梃击、红丸、移宫”三案为由，唆使其党羽造编《东林党点将录》上报朝廷。明熹宗下诏，烧毁全国书院。次年，东林书院被拆毁。东林党人也遭到毁灭性的打击，阉党四处搜捕收押东林党人，先后有“六君子”和“七君子”之狱。杨涟、左光斗等东林骨干都受到惨无人道的迫害并被杀害。东林之盛终成昙花一现之势，朝政完全落入阉党之手。
天启七年(1627年)，崇祯即位，魏忠贤被流放南直隶凤阳府，东林党人余人才免遭魏忠贤的打击。崇祯二年，崇祯皇帝下令为东林党人恢复名誉，并下诏修复东林书院。东林党与阉党余势之间的斗争一直持续不断，一直延续到南明覆灭。
对于东林党人的评价，有两种观点：一派认为东林党和齐楚浙及阉党一样，“都是从派性出发争夺权势而已”;另一派则认为东林党“不务空谈，主张躬行实践，不是为讲学而讲学，而是要过问政治，以达到经世致用”。
东林党人初心虽好，最终却还是卷入他们极力反对的党争中，并最终因此惨败在阉党手下。
东林党倡导经世致用，道德济世，但他们经世的具体内容，主要体现在“清议论政”和“生民关怀”两个方面。从这两方面活动的内容、过程及其后果，也不难看出东林道德经世的可操作性是何等缺乏。更重要的是，东林党人对于他们不切实际的幻想蓝图也并未真正推行，相反，他们当政期间忙于党政，扶植同党，对宿敌齐楚浙党进行残酷打击，欲将其一网打尽。虽然这是时势所迫，是权力斗争的必要手段，但东林党的腐化却也是明显存在的。由此看来，他们的失败是必然的，纵使他们在党争中击败阉党，也只不过迎来新一轮的党间、党内派系争斗罢了。无论如何，他们平息党争，拯救时弊的目标是无法达成的。