皇帝沐浴之后，召见了乾清宫管事太监魏忠贤。朱由校回京城的时候就发现了，城市的环境大大改观。朱由校曾经特地跟朝臣打听过明朝各个城市的环境卫生，据说街道状况最好的是南京。万历年间的沈德符比较几座城市的街道称：“街道惟金陵最宽洁，其最秽者无如汴梁，雨后则中皆粪壤，泥溅腰1腹，久晴则风起尘扬，睹面不识。若京师虽大不如南京，比之开封似稍胜之。”
南京有青石铺成的街面，北京的街道则无石板铺垫，加上来往的车马多，路上多车辙沟痕，一旦下雨就泥泞不堪。若是连天下大雨，城中还会出现“泥途坎陷，车马不通，潢潦弥漫，浸贯川泽”的情景。当时，“燕山积雨泥塞道”已成为居民头疼的事。
为了下雨天的通行，在北京还出现了一种特殊的行业，叫“人背人”。明朝时，由于北京下水道大半阻塞，一到夏季暴雨频仍时节，各大街道积水成河，难以通行，就有穷人为挣些钱，专门背人过街。
作为从现代社会穿越到明代的人，朱由校绝对不能容忍自己的王朝首都是如此的邋遢脏乱。在微服私访之前，朱由校下令让魏忠贤监督北京城内的道路修缮。中午，魏忠贤伺候皇帝用膳，朱由校特地询问他关于整顿环境的具体情况。
“魏忠贤，你这几个月打扫京城卫生，打扫的不错啊！”
“谢皇上夸奖，这都是皇上对百姓的恩德，老奴怎么敢当呢！”魏忠贤一脸喜悦但又装作惶恐地回答道。
“魏公公很谦虚啊。你具体是怎么整顿京城的环境？”
“老奴只是组织宦官们雇了些里铺在街道上，这样就避免来往车俩陷在烂泥里。皇上曾经提到过京城街道之所以积水严重，原因在于排水不畅，而排水不畅又是因为沟渠淤塞。那么老奴就组织那些人拓宽加深疏通沟渠。这样就避免了污水排不出去。”无名白在明朝时专门用来指代阉割后入不了宫、做不了太监的人。
“这么大的工程量，朕给你的十万两拨银够么？那些无名白和苦力，每个人一天发多少工钱？”
“回皇上，老奴每人每天发三十文钱作为干活的工钱，这样算下来皇上给的银两刚刚用完。”
“三十文钱是不是有些少啊，那些无名白是没能入宫的阉人吧，他们能像正常汉子一样干体力活么？”
“回皇上，三十文钱就不少了，按照城里的行情，一天工钱才二十五文。无名白也是能干重体力活的。”
“北京城里有多少无名白啊？”
“大约有六、七万吧。”
“有这么多无名白啊？他们平常做什么营生啊？”
“无名白主要有三条出路：其一是投入王府或权贵势要之家充役；其二是在京城各寺院附设的浴池里专门为太监们搓澡；其三则是沦为乞丐。多年以前，老奴曾经亲眼看到过几十名“无名白”藏在残垣败壁间，注视往来的车马。如果只是三三两两的过往骑客，而旷野中再无他人，丐阉们就会成群结队地奔行出来，勒住马，将骑者值钱的东西抢夺一空，甚至连稍好点儿的衣服都悉数剥下，然后一哄而散。”魏忠贤也曾是无名白中的一员。
“你为这些没有差事的无名白找了一份活路，这也算是一份善德。”
“这都是皇上的恩德，老奴哪敢贪天之功。”说完，魏忠贤继续伺候万岁爷用膳。
朱由校用完午膳以后，移驾到乾清宫暖阁办公。皇上在这里召见了司礼监秉笔太监刘若愚和锦衣卫指挥使骆思恭，他将弹劾孙承宗的奏章交给刘若愚，皇帝下令骆思恭协助刘若愚调查写弹劾奏章的每一位官员，要调查清楚他们的籍贯、家庭背景和人际关系。调查完毕以后，尽快向皇帝汇报。两人领命退下去调查。
天子依旧待在暖阁里，他把微服私访的心得整理在纸上。朱由校先把问题写出来，然后再加以分类，比如说土地问题、吏治问题、海贸问题、私盐问题等等。写了整整一个下午，到了傍晚，礼部尚书袁可立把写他的关于为内阁首辅辩解的奏章送给皇上审核，主要内容就是论述了内阁首辅在得到圣上授权以后，对朝政的管理没有丝毫的问题，论证了孙承宗谋反一事纯粹是子虚乌有。朱由校看完以后盖上他的大印，作为诏书发布出去。
晚上，朱由校到坤宁宫和皇后张嫣一起用膳，为了庆祝巡游归来，特地准备了九道菜的大宴。皇帝当政以来，厉行节约，每顿饭只是四菜一汤，九道菜已经可以说是大宴了。九道菜摆在席上，异香馥郁，菜品新鲜。
小皇后张嫣今天上午就知道皇帝回宫了，这两个多月悬着的心总算放下了，她真的害怕皇上一去不回。然而皇上一回来就忙着国事连后宫的门也没迈进一步，张嫣到了晚膳才与朱由校见面。帝后二人对面而坐。张嫣鼓起勇气把她的想法跟皇上讲：
“皇上，您可否记得正德皇帝下江南的事？”
“正德皇帝下江南发生什么事了？”
“下江南回来时，在淮安的清江浦，正德皇帝在运河西岸的积水池泛舟。正当兴高采烈的时候，不料船翻了个底朝天，这位大明天子竟然落水，左右侍臣一齐争抢入水救护，七手八脚好不容易把正德皇帝捞上岸。受到冷水的刺激和落水的惊吓，正德皇帝就此染病，身体一蹶不振，直至病死。”
“皇后对朕有什么看法，直说就好了，不必拐弯抹角的。”
“臣妾