而刘肇基本人也很争气，作战骁勇，长于谋略，先后升任指挥同知、辽东副总兵、辽东总兵官，后来遭到诬告在崇祯十一年被解职赋闲。
朱由菘登基后刘肇基自请从军效力，由于其资历显赫，朱由菘便授予其左都督、加太子少保的头衔，命他屯兵江北，协助镇守扬州的史可法拱卫南京北大门。
史可法手中兵马不过万人左右，便拨给刘肇基两千人，命他前往高邮坐镇，自行募兵，防御扬州的最前线。
半月前多铎率十万清军南下，驻守淮安的四镇之一刘泽清不战而降，率本部五万人马投降，清军得以兵不血刃的拿下淮安，绕过高邮湖直扑扬州。
史可法得到消息后大惊失色，急忙修书向朱由菘及各镇求援，止有刘肇基一人率四千将士自高邮抵达扬州，与史可法死守南京城的北大门。
马士英附和道：“扬州危难之际，只有刘都督孤军驰援，足见其忠心，亦应该加以赏赐。”
朱由菘点头：“该赏！史可法、刘肇基都应该加官进爵！传朕旨意，赏赐史可法‘靖忠’伯爵位，刘肇基‘毅勇伯’爵位，世袭罔替。”
朱元璋开国后规定“凡爵非社稷军功不得封，封号非特旨不得予”，简而言之，就是文官不能封爵，只有凭借军功才可以。
但现在史可法的身份是扬州督师，前线总指挥，说他是个武官也未尝不可，更何况在这乱世之中伯爵已经不值钱，随手一抓遍地都是。
赏赐给史可法一个有名无实的伯爵总比让他登上一品的官位强，马士英自然不会反对，更何况自己还顺水推舟卖了刘肇基一个人情。
“陛下圣明！”
马士英躬身允诺，“老臣这就去让翰林院拟旨，赏赐史可法靖忠伯、刘肇基毅勇伯，林镇疆擢升广陵总兵官、授明威将军衔。”
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