贞观三年（629年）正月，李世民突然颁下一纸诏书，罢免了裴寂的司空之职，削掉了他的一半食邑，并且将他驱逐出京，遣返原籍。当然，李世民要清除裴寂这种功高望重的元勋老臣，总是要找一个理由的。
武德年间，和尚法雅得宠于李渊，因而能够自由出入宫禁。可到了贞观初年，法雅的这项特权被取消了，于是心怀怨恨，散布了一些蛊惑人心、影响社会稳定的“妖言”，随即被朝廷逮捕。兵部尚书杜如晦亲自审理此案。
据法雅供认，裴寂曾经听他说起过那些“妖言”，可裴寂却没有及时上报。也就是说，裴寂犯了知情不报之罪。裴寂当然矢口否认，但法雅却死死咬住他不放，令他百口莫辩。最后杜如晦从容结案，裴寂罪责难逃。
裴寂比任何人都清楚，真正找他麻烦的人不是什么和尚法雅，也不是什么兵部尚书杜如晦，而是大唐最有权力的人——皇帝李世民。
崇文殿，裴寂免冠跪在李世民面前。李世民看着裴寂，不怒自威，“你身为左仆射，朝廷重臣，却知情不报……”
“陛下……”
“除了免除你的官职，没有别的办法，你回你的蒲州老家吧，”
“陛下能否许臣住在京师？”
李世民讥讽地说道：“要论你的功勋，岂能擢升到如此高位？你不过是蒙受太上皇的恩泽，侥幸在群臣中位居第一而已。武德年间，贿赂公行，朝纲紊乱，问题都出在你的身上。只因念在你是故旧，不忍心依法处置，你能活着回到家乡，已经是万幸了！”
裴寂闭上眼睛，自语：“太上皇……”
李世民都把话说到这分上了，他还能怎么办？在返回蒲州的路上，裴寂想起了当年的刘文静——同样是首义功臣、开国元勋，偏落了个身败名裂、家破人亡的下场；倘若今天的李世民以其人之道还治其人之身，那裴寂很可能会死得比刘文静更难看。所以，没有步刘文静之后尘，得以全身而退，保一个善终，裴寂实在是要谢天谢地了。
李世民将裴寂逐出朝廷不久，就将刘文静平反昭雪，不但下诏追复了他的官爵，让其子刘树义承袭了鲁国公的爵位，还把一位公主许配给了刘树义。这是对刘文静在天之灵的一种告慰和补偿。
裴寂黯然回到了蒲州老家，本以为离开了长安的是非之地，总算可以安度晚年了，可他断然没有想到，更倒霉的事情随即接踵而至。一个招摇撞骗的江湖术士，在街上遇见了裴寂的家童，忽然心血来潮地附在他的耳边说：“你知道吗？裴公是有天命的人啊！”
家童把这话告诉了裴府的管家，管家又向裴寂做了禀报。裴寂一听之下，当即吓得目瞪口呆，浑身暴汗。说他“有天命”，这不等于是说他想造反吗？这可是满门抄斩、十恶不赦的大罪啊！于是裴寂就让管家马上杀掉了那个传话的家童。管家嘴上答应，可一转身就神不知鬼不觉地把那个家童给放了。因为他另有打算。他在裴府这么多年，又深受裴寂信任，专门负责收纳封邑之内的各种贡赋。经手的钱多了，自然就起了贪念，前后侵吞了一百万的巨款，并且早已挥霍一空。因此，他这次之所以放走家童，就是准备东窗事发的时候，拿手里的把柄和证人要挟裴寂。
果然，“天命事件”过去不久，管家侵吞钱财之事就败露了。裴寂怒不可遏，立即遣人捉拿。管家连忙一口气逃到长安，向朝廷告发了这件事。
李世民勃然大怒，当即宣布了裴寂的四大罪状：“位为三公而与妖人法雅亲密，罪一也；事发之后，乃负气愤怒，称国家有天下，是我所谋，罪二也；妖人言其有天分，匿而不奏，罪三也；阴行杀戮以灭口，罪四也。”
李世民本来完全可以置裴寂于死地，可很多朝臣替他求情，说裴寂罪不至死，应该发配，李世民最后便把他流放到了静州。短短几个月之内，裴寂两次遭贬。他万念俱灰地走在山长水远的贬谪之路上，感觉这就是自己人生的末路。他知道自己终将在这遥远的边瘴之地了却残生。
不久，静州境内的羌人作乱，有人立刻奏报朝廷，说造反的羌人要拥裴寂当首领。可这一次李世民却没有听信谣传，他很有信心地说：“国家对裴寂有性命之恩，他必定不会造反。”
李世民的判断没错，裴寂没那么傻。即便屡遭贬谪，裴寂还是想尽力保住自己的晚节；就算不替自己着想，他也要为子孙后代的富贵和前程着想。所以，为了平息谣言，同时为了表明自己对朝廷的忠心，裴寂毅然披上戎装，率领家丁平定了羌人的叛乱。
裴寂最后的表现终于换取了李世民的谅解，他随后就接到了一道征召他还朝的诏书。然而，年老多病又频遭变故的裴寂已经不可能回长安了。接到诏命的几天后，时年六十的裴寂便在抑郁而苍凉的心境中一病而亡。
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