虽然彻底占据了山鹿郡以及菊池郡，但是政良却没有立即率军离去。而是先让骑兵番队先行返回筑后，而他则是带领着大军暂时留在了菊池郡。
留在菊池郡，主要是先行将肥后的事情安排妥当。
首先是对防务的安排。圆城寺信胤、公文重忠、黑木实连、罗氏政宗所统领的第六常备足轻番队，驻点从肥后玉名郡的筒狱城更改为肥后菊池郡的偎府城、汤町城。原肥后玉名郡的筒狱城则改为第一番常备骑马队的分驻地之一。
此外，为了避免被谋叛者利用弃置的城砦据守，肥后的猿返城、神尾城、城村城、田中城、南関城将会被拆除。
与此同时，随着肥后山鹿郡以及菊池郡成为罗氏家的领地，筑后中南部也彻底成为了罗氏家的后方，所以木下昌直、上田真次、岛原纯茂所统领的第四常备足轻番队驻地改为新修筑的筑后国高良山下的高良城。而筑后中南部的猫尾城、山下城、田尻城、长延城也将与筑后生津馆、蒲池城一样，将会被同时拆除。[
防务安排好后，接下来就是处置山鹿郡以及菊池郡当地的小豪族、小地头甚至原住民的问题了。对于当地的小豪族、小地头，由于家中此时正面临内部谋叛，所以不适宜在这个时候将他们强行转封从而激化与他们的矛盾，所以政良决定暂时采取妥协政策，暂时保持现状，待家中内乱平定后再行处置这些小豪族。
至于那些原住民。主要是采取胡萝卜加大棒式的分化政策。通过当初被人贩子贩卖到罗氏家肥前、筑后的原住民来劝说这些当地的原住民。为他们提供更好的田地，将他们逐步吸引出山区。同时有意识地将他们分流，避免他们从山区出来后又再一次形成部族从而威胁领地的安全。至于仍然顽抗者，则暂时以安抚为主，事后待罗氏家腾出手来后，再采取血腥的灭族政策，所有反抗者，男子一概就地砍杀。女子贬为奴隶分配给将士家臣。
最后，政良还独自与此次留守在肥后，负责统筹肥后所有事务的赤羽信之介进行了密谈。
政良首先将有关领地内部出现谋叛一事告诉了赤羽信之介。后者得知后也当即大吃一惊，但是很快就镇定了下来。既然政良在这个时候才告诉他，显然是已经做好了应对安排的了，现在他要做的，就是帮政良守护好新得到的肥后领地就可以了。
由于春耕已经开始，政良要求赤羽信之介必须全力配合内政阁派驻过来的农事奉行做好此次春耕工作，同时还要协助内政阁在春耕之余大力开展行军大道修筑（尤其是筑后到肥后的行军大道的修筑）、田地开垦、修缮水利等的有偿徭役。总之一切都是为了让肥后的领民们体会到罗氏家法度的好处，同时也要忙起来。让一些有心之人法煽动起领民来，确保肥后新占据领地的安定。
此外。一部分从各地投靠罗氏家的流民以及附近邻居投靠罗氏家的领民，今后也将陆续安置到肥后来，除了增加当地人口外，还有着趁机改变当地人口分布以及减弱当地豪族以及地头的控制力的目的。这样，不久后当罗氏家强行转封这些人后，他们就会失去更多的支持者。
对于新占据的肥后领地的守护问题，政良要求赤羽信之介密切留意当地的小豪族以及小地头的举动之外，还需要密切留意周边肥后豪族以及丰后大友家的举动，防止他们反扑。
就这样，在肥后连续滞留了三日，在一切都安排好后，政良才正式启程开始返回肥前。此次护送他回去后，只有一百个披风众，三百多人的武士番队（一部分武士在肥后攻略中由于受伤，所以只能暂时留在肥后养伤，待伤愈后才能返回武士番队），以及一百人的常备铁炮番队。其余的番队则是提前两日在各自的将领带领下提前开始向各自的驻地返回了。
当然，这一次他们的行军路线有点特别。他们并没有走最为快捷的路线，而是按照政良以及山本勘助商议好的路线行进的。而这些路线恰巧经过一些已经基本被确定有参与谋叛的豪族的领地。
同时在开始返回肥前之时，政良还让内政阁趁着这段春耕时间故意在领地内发起一次大规模的春耕、修筑道路、修缮水利以及开垦田地的徭役。更加是有意识地让各地的领民跨区域开展徭役，将领民拆散，防止谋叛者煽动领民。
当然，所有的这些都是不动声色地进行的，反正几乎每年这个时候罗氏家领地内都会发布这样的徭役的了，今年的规模只是更大罢了。政良对外给出的理由则是领地的储备粮食出现了不足，此举是为里增加今年秋收的收成。反正有偿徭役已经是罗氏家特有的法度，不少的领民早已经习惯，所以也没有任何人的怀疑。
天文十四年四月十五日，历经十数日的行军，政良的大军终于回到了肥前国的本城岸岳城。
刚刚抵达岸岳城还没来得及跟他的妻妾们相聚，政良就接到了一个噩耗。从城下町的大西国治家中传来大西国治病危的消息。
突然闻听这个噩耗，政良不由得一阵唏嘘，这令他不由自主地想起了当初在罗氏家刚刚起步之时，跟随在他身边的几个家臣。
津田广宗、平佐太郎是在与波多家的岸岳城一役中战死的，剩下的忠次郎现在已经退居到幕后成为了领地中的一个普通农具铁匠，幸助虽然能力一般，但是由于是政良的岳父，所以也在情报阁里担任了一个职位，