根据张超的建议，荡倭营中枢下设有参军处，宣教处，营务处，分别负责参谋，政治和后勤，这是张超参考当年我军的模式建立的。
经过张超邀请，去年落榜，但是才华得到公认的王守仁出任荡倭营参军处游击，而且弘治皇帝特批荡倭营的人都可以参加各自等级的科举，这样也消除了王守仁的后顾之忧。
宣教处游击由江西人，南京国子监的监生秦宁担任，他长期作为张超的助手，待在军中负责教化事宜
营务处游击由张超济世学院的学生黄毓担任，黄毓是黄老的远房侄子，善于算术记账，打理营务处做的非常出色
荡倭营下设海运营，海战营，陆战营，训练营四大营，指挥员都为游击。海运营主要负责漕粮和物资运输，海上捕鲸，由原来负责此事的千户赵德担任，升迁为游击
海战营游击则为丁猛担任，超迁为参将
陆战营游击为丁怀德担任，超迁为参将
训练营游击为王六担任，超迁为参将
荡倭营下辖三大处四大营，共有两万多人，装备有数百条大小舰船，有舰炮一百多门，其他各式火炮数百门，是此时明军最为训练有素，战斗力最强悍的军队，终于在此时组建完成。主官的选择都是朝廷精心挑选的精明强干之士，目的很明确，一定要弄清楚佐渡金矿。
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