在万历三十三年，受舅舅沈光祚推荐去边上历练，当了宁远伯李成梁的亲兵。
同年九月，中武举乡试第六名，授安山百户职，不久又升为千总，守备。
万历四十七年，熊廷弼经略辽东，毛文龙屡立战功，深受其赏识，被升为都司。
先后收复二千里海岸线。克复镇江，擒后金游击佟养真。
不久，又收复了被李成梁放弃的宽奠、叆阳、大奠、新奠、永奠、长奠六堡，军声大振，升为副总兵。
随后，以皮岛及宽叆山区为根据地，多次深入后金腹地，屡挫敌锋。
八月，派遣部将张盘收复金州、旅顺、望海堡、红嘴堡。九月，率部攻打后金故都赫图阿拉的外围要塞，先后取得了“牛毛寨大捷”、“乌鸡关大捷”，受到了督师孙承宗的高度赞赏。
十月，再命张盘收复复州、永宁。
天启四年，努尔哈赤派人向毛文龙议和，毛文龙将来使绑送京师，朝廷升其为太子太保、左都督。
七月，取得“分水岭大捷”。
天启五年一月，派部将林茂春收复旋城、传铁峪城。
天启七年，后金皇太极即位，为解除心腹之患，派遣贝勒阿敏、济尔哈朗等率大军攻打毛文龙和朝鲜，史称“丁卯之役”。
毛文龙“五战而五胜”，重创后金担任进攻主力的镶蓝旗，使之失去战斗力，以致其两年后未能随皇太极南下。