卫戍司令部为了有计划、有组织地实施撤退，于十四时指示第三十六师负责维持城中及下关的秩序。
但此时日军第六师团一部已突入至中华门内，第十六师团及第三师团已逼近中山门及光华门，第六师团左翼旅已逼近水西门。
中国守军第二军团退至乌龙山，教导总队退至紫金山，第七十四军派人去三汊河架设浮桥，企图渡江撤退至浦口，被第三十六师制止，南京守军已开始呈动摇态势。唐生智等决定改在当夜撤退。
老蒋虽然致电唐生智，令其在不能持久时相机撤退，但总从政治方面考虑较多，希望能多守一段时间，因而在十二日又以致函形式致电唐生智、罗卓英及刘兴，提出他自己的企望。
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