刘曜在颁布招贤募将令之后，下一步便是整军。
目前永昌郡有两万兵力，益州郡有三万兵力，交州七郡有三万兵力，安南地区有一万兵力。
这九万兵力，主要由郡县兵和保安队、捉奴队、镖师、家丁所组成。
刘曜之前用各种形式隐藏自己的武装力量，如今要进行大规模的军事行动，必须要将这些武装力量整合起来，进行统一的改编。
他经过深思熟虑之后，决定从编制、军事制度、组织框架三个方面来着手。
首先是百姓军的编制，刘曜若想实现对军队的如臂指挥，就必须将治下九郡一区境内的郡县兵、保安队、捉奴队、镖师、家丁进行整合。
不管以前是郡县兵序列成员，还是保安队等其他武装组织序列成员，全部强制性编入百姓军。
各地镖局镖师、家丁整编入百姓军后，原先的镖局、家丁建制保留，但人员数量减半，空缺的人员再另行招募。
保留捉奴队的建制，但更名为捉奴营，人员数量不变，因成员被编入百姓军，空出来的人员另行招募。
取消各地郡县兵、保安队的建制，成立郡、县两级警尉府，分别归属郡守、县令直管，专门负责地方治安缉捕。
警尉副手为警正，负责执法缉拿，满编三人。
警正助手为区警，每警正之下最多三位区警。
区警助手为警员，乃是最底层的执法人员，每位区警之下最多二十名警员。
如此，每个县城或郡治所之城，会保留满编一百八十人的治安力量，对付小偷盗贼足够了。
各乡设游徼所，掌握治安缉捕，对口县警尉府。
游徼副手为典吏，负责执法缉拿，每乡最多两位。
典吏助手为从警，每典吏之下最多两位从警。
从警助理为辅警，最底层的执法人员，每位从警之下最多五名辅警。
如此，每个乡会保留满编二十人的治安力量，对付乡中的地痞流氓也够用了。
在军队建制方面，刘曜打算在东汉军制基础上做一些调整。
五人为伍，设伍长一名。
两伍为什，设什长一名。
三什为排，设排长、排副、排参谋、排长史各一名。
三排为队，设队长、队副、队参谋、队长史各一名。
各队级军官皆有两名近身侍卫，队级军事单位满编为一百人。
三队为屯，设屯长、屯副、屯参谋、屯长史各一名。
各屯级军官皆有四名近身侍卫，屯级军事单位满编为三百人。
三屯为曲，设曲长、曲副、曲参谋、曲长史各一名。
各曲级军官皆有六名近身侍卫，曲级军事单位满编为一千人。
三曲为营，设营长、营副、营参谋长、营长史各一名。
各营级军官皆有八名近身侍卫，营级军事单位满编为三千人。
三营为师，设师长、师副、师参谋长、师长史各一名。
各师级军官皆有十名近身侍卫，师级军事单位满编为一万人，“加强师”满编人数视具体情况而定。
两至三师合为一军，设军长、军副、军参谋长、军长史各一名。
各军级军官皆有十六名近身侍卫，军级军事单位满编最高封顶为三万人。
刘曜不打算在未来设立“加强军”，他认为若干军合为一军团即可。
目前他麾下已存的九万战兵，可整编成三个军级军事单位，而他本人则担任军团长的职务！
举旗后征募的新兵，可以统一编入新兵营，安排到各师之中，把师变成“加强师”。
至于特殊兵种组建的营，比如骑兵营，其军官配置与普通营类似。
但全营人数编制少则五百，多则五千，视具体情况而定。
在军事制度方面，刘曜决定增加长史参谋制，以及十五等军功爵制度。
军师多谋，军队主官善断。
参谋是为所属军队主官提供信息、出谋划策、配合主官工作的职务。
参谋独立提出建议，主官不为参谋左右，主官职权与参谋职权是主导与从属关系。
至于长史，则等于“监军”！
刘曜设置的长史职务，隶属于其直属上级军队长史，在同级军官领导下进行工作，专门负责后勤保障与士兵的思想教育。
在政治方面，长史只服从上级随军长史和政治机构，不服从同级军队长官。
在军事方面，长史只服从上级军事指挥官、随军长史和军事机构，同样不服从同级的军队长官。
比如，营长史与营长，两者平级。
营长史没有统兵作战的权力，专门负责一营后勤和全营士兵思想教育，按照上级指令进行工作。
营长无权调动营长史，也无权干涉营长史的工作。
营长的职责就是在营参谋长的配合下，统兵作战，排兵布阵，完成上级下达的军事任务。
若是营长有意谋反，首先要考虑手握粮草大权的营长史会不会跟他一条心，还要考虑下面的士兵会不会听他的。
这样，谋反的成功率会降低。
刘曜设随军长史制度，是为了保证他对军队的绝对领导，破坏古代“兵为将有”的英雄崇拜。
十五等军功爵制度与秦朝二十级军功爵位制类似，但又不同。
此制度是刘曜当年在太学读书期间，苦心专研而创立的各种政治、军事制度当中的一种。
秦朝军功爵制的根本，其核心是按照军功等级赐对应的爵位，而不同爵位赏赐的土地