在中兴社一总三分的大框架下，还有几个独立的部门，归张镝直管。
一是军备科，由刘石坚兼任主管，对寨兵、屯民乃至船队船员都要定期进行整训，流求等地虽不是张镝练兵和用兵的重点，但至少要作为预备役的存在，那样即便前方遭遇挫折甚至败绩也可有回旋的余地，迅速再招一只人马，因此后方的训练不可偏废。
二是财计科，掌管全社的财务审核、统计，监督各分社的资金进出，每月将盈余资金收入总社金库，根据各处申请统一调配。财计科设主管一名，是原先驻澎湖的账房罗育兴，其余人员则是货栈、船队、分寨等处的账房。
三是招才科，任务是发现各类人才进行招募，主要与商贸分社配合行动，去往各地贸易时留意观察，伺机招揽，同时还有收集各地情报的职能。招才科主管由叶继兼任，具体事务上由张镝比较信得过的刘十九来做。
四是医药科，流求岛缺医少药的问题原本是刘石坚最头疼的事，张镝带来了良医兰生，事情就水到渠成了。兰生本人并无异议，他在山中修行十余年，早就对世事宠辱不惊，遵从师父分别前的教诲，只是做好救死扶伤的本份而已。