经此一番折腾，户部算是名誉扫地了。
很快开朝会的时候，马上就有人弹劾户部尚书玩忽职守，周琅象征性的处罚一下，然后就有人提出户部会计业务不精，皆因多半学无所用，要求户部选员应该进行考核后才能商人，这是变相的要改革科举，提出此议的当然是皇选官一派。
周琅同样否决了，违心对科举的选贤与能作用进行了肯定，但是加了一条，户部用人，上岗前要学习会计科，就送去学校学习。
这等于是让那些科举出身的文官，进入培养皇选官的学校学习，增加专业知识。户部从此也被皇选官体系渗透了。
对于周琅派遣检查官员，培训户部用人等事，王辅茞没有反对。
周琅浅尝辄止，点到为止，没有进行下一步行动，因为这些都是战争期间的事情，以大局为重，他并没有进行大刀阔斧的改革。
至此，周琅已经对六部中的工部拥有绝对控制力，对户部完成了间接控制，随着一批又一批科举士子经过学校的回炉教育，逐步更新换代，有个十来年，户部改革自然水到渠成。礼部变革了一半，科举方面动不得，但外交只能经过了改革，礼部的外交职能全部归并到了理藩院。吏部则在最高层一直就由皇帝做主，因此也算是控制着三分之一的权力。
周琅唯一没动的，就是刑部，尽管这个部门非常重要，可一直都找不到好的切入点。司法体系虽然是传统的，可人也是传统的，这一套司法程序老百姓都已经习惯了。
内部没有推动改革的动力，外部倒是有很强的动力。
随着国家的开放，贸易的扩大，洋人也多了起来，洋人非常不满中国的司法制度，他们总觉得自己受到了不公正待遇。洋人如果跟中国老百姓起了冲突，动辄会被抓起来打板子，而且确实存在对洋人用刑更重的情况，就好像满清的官员在云南等地往往会偏袒更第当地土民政治的汉人一样，地方官在处理洋人跟中国百姓的司法纠纷中，也更偏袒百姓。这已经是传统了，前清时候就是这样，广州一口通商，误伤甚至致人死命，在大清律中其实并不会判死刑，可如果洋人打死了人，不管怎么死的，都会提出要洋人偿命的要求。
至于打板子那更是稀松平常，从明朝开始，澳门的葡萄牙人一点跟中国百姓起了冲突，香山县县令找不到凶手就会直接把葡萄牙人的总督抓起来，打一顿板子。当时的葡萄牙总督在西方人面前总是摆着一副高傲的态度，极力将自己包装成葡萄牙中国总督，挨完板子，然后偷偷回去继续摆谱，反正西方人也不知道。
这些司法程序让洋人非常恐惧，而且还无法聘请律师进行辩护，本地的讼师敢帮洋人打官司是会惹麻烦的，所以洋人已经多次提出抗议，希望谋取领事裁判权（治外法权），可是这时候不是清末，这种对本国司法权的侵犯，是无法接受了。
改革也很难，如果周琅以洋人的抗议为理由进行改革，恐怕会适得其反。
就好像美国不会因为朝鲜人的批评而更改本国的制度一样，此时的中国官员，甚至连普通老百姓都对自己的国家极为自豪，告诉百姓们说，洋人的司法程序如何如何人性，洋人的司法体系如何如何严密，根本没人会接受。
这就是周琅这个改革者遇到的最大难题：内部缺乏改革的动力！
而且这个困境越走越深，国家展的越好，就越是找不到改革的理由。